BLASTの使い方!塩基配列やアミノ酸配列からデータベースにアクセスする方法を解説

BLASTの使い方 その他

こんにちは、あらもーどです。

今回は、Blastの使い方を徹底解説していこうと思います。

BLASTとは?

Blastの画面
Blastの画面

BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)は主に、塩基配列からその配列についての情報を探したり、何のたんぱく質なのかを同定する、またはたんぱく質のアミノ酸配列からそのたんぱく質についてや塩基配列を探すときに使います。

(URL:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)

BLASTでできることはは4つ

BLASTを使ってできることは4つあります。それは、

  • 塩基配列を使って核酸のデータベース内を検索する(blastn)
  • 塩基配列を使ってたんぱく質のデータベース内を検索する(blastx)
  • アミノ酸配列を使ってたんぱく質のデータベース内を検索する(blastp)
  • アミノ酸配列を使って核酸のデータベース内を検索する(tblastn)

です。目的によって使い分けましょう。

BLASTの使い方

blastの選択

blastn,blastx,tblastn,blastp
blastは4種類

最初の画面から、何のblastをするか選択することができます。

ちなみに、下の欄から生物種を選択することができます(例:COVID19 (taxid:2697049))

今回は例として、blastnを実行したいと思います。一番左のところをクリック

blastn検索設定

Enter Query Sequence

Enter Query Sequenceの設定
Enter accession number(s),…に配列を入力

Enter accession number…に検索したい塩基配列を入力しましょう。

今回は例として、

ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAA
CGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAAC
TAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTG
TTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTC
CCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTAC
GTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGG
CTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGAT
GCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTC

この塩基配列で検索してみようと思います。

ちなみに、upload fileからFASTA形式のファイルをアップロードして検索することもできます。

Choose Search Set

Chose Search Setの設定
データベースの選択を主に行う

ここでは検索に関する設定が行えます。

Databaseから検索するデータベースを選択しましょう。なお、デフォルトでは重複のない全データベースから検索する設定になっています。Reference Sequenceが欲しい場合などに有効活用しましょう。

Organismで生物種の指定が行えます。検索を絞り込みたいときに使いましょう。

Program Selection

Program Selectionの設定

ここでは検索の精度を選ぶことができます。

精度はHighly>More>Somewhatです。

Highlyから順に試していって、ヒットしなければ精度を下げていくのがよいでしょう。

BLASTで検索

設定をし終わったら「BLAST」をクリックしましょう。

blast検索待機画面
blast検索待機画面。しばらくかかる

このような画面になると思います。検索には少し時間がかかるので待ちましょう。

検索が終了したら自動的に画面が切り替わります。

検索結果の見方

blastn検索結果の画面
blast検索結果

Max Score・・・類似断⽚中の最⼤のBLASTスコア

Total Score・・・個々の類似断⽚の合計のBLAST スコア

Query Cover・・・データベース中の配列と一致しているところの長さ/検索にかけた配列の長さ(%)

E-value・・・小さいほど良い

Per.Ident・・・一致率(%)

Accession・・・その配列のデータベース上でのID

試しに一番上のAccessionをクリックしてみましょう。

そのゲノムの情報を見ることができる

その配列についての詳細を知ることができます。今回調べた配列は、SARS-CoV-2の全ゲノム配列の一部だったのですね。

さいごに

いかがだったでしょうか?もっと詳しく知りたいところがあったら遠慮なくコメントしていってくださいね。

コメント

  1. dppwirytr より:

    BLASTの使い方!塩基配列やアミノ酸配列からデータベースにアクセスする方法を解説 | ガジェットALAMODE
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